Церкви Саентологии, которые обслуживают прихожан, имеют духовную иерархическую структуру, которая соответствует уровням саентологических услуг. На нижних уровнях этой иерархии отдельные люди и малые церкви предоставляют начальные одитинг и обучение, а на высших уровнях большие организации предоставляют высшие уровни одитинга и обучения.

Человек открывает для себя Саентологию, обычно либо прочитав книгу, либо узнав о ней от друга, либо посетив публичную лекцию. Как и в начале 50-х, новости о чудесах Дианетики и Саентологии по-прежнему чаще всего распространяются благодаря личному общению, передаваясь из уст в уста.

Весть о том, что жизнь можно сделать по-настоящему счастливой несут внештатные сотрудники, саентологические группы и миссии, которые существуют, чтобы предоставлять религиозные услуги всем людям.

Выше находятся саентологические церкви, имеющие более высокий уровень организации, чем миссии; эти церкви являются центрами саентологической религии в своих городах, также они являются центрами работы по улучшению общества. Здесь же прихожане изучают материалы, составляющие саентологическое Писание, здесь они учатся одитировать.

Выше находятся так называемые «саентологические церкви повышенного уровня». Эти церкви предоставляют самые высокие уровни одитинга и обучения, включая уровни ОТ. Можно не сомневаться, что здесь прихожане вновь откроют для себя тот потенциал, которым они на самом деле обладают как духовные существа.

Для того, чтобы удовлетворять духовные потребности прихожан и обеспечивать, чтобы все предоставляемые религиозные услуги точно соответствовали саентологическому Писанию, разбросанные по всему миру саентологические церкви организованы в виде иерархической структуры (более 3000 церквей, миссий, организаций и групп). Эта структура включает как церкви, которые предоставляют услуги непосредственно прихожанам-саентологам, так и управляющие организации, которые наблюдают за деятельностью организаций, предоставляющих услуги, поддерживают и направляют их деятельность.

Каждое церковное объединение организовано на некоммерческой основе со своим собственным управлением и руководителями, ответственными за деятельность этого объединения. Составной частью этой международной структуры являются церковные объединения, персонал которых формирует международное управление. Этими объединениями являются: Международная Церковь Саентологии, которая выполняет функцию материнской церкви для саентологической религии; Международная организация саентологических миссий – материнская церковь для всех саентологических миссий; Пасторская Международная Духовная Лига Хаббарда - материнская церковь для всех саентологических добровольных священников и внештатных одиторов.

Объединения церкви, находящиеся на этом уровне саентологической церковной иерархии, осуществляют крупномасштабное планирование. Результатом этого является стабильность и расширение религии по всему миру. Ниже международного управления находится сеть континентальных или зональных организаций управления, каждая из которых оказывает духовную поддержку отдельным церквям в сфере своего влияния.